תפעול יחידת ה-DAF חייב לפעול בהתאם לתקנות כדי להבטיח יעילות הטיפול. לפני שתתחיל, בדוק את תקינות מראה הציוד (ללא נזק), את אטימות הרכיבים המחוברים, וודא שהלחץ של מיכל הרוויה (בדרך כלל 0.3-0.5 MPa) ומפלס המים נמצאים בטווח הסטנדרטי, תוך בדיקת מצב מערכת האחסון והמינון של כימיקלים. רצף ההפעלה צריך לתת עדיפות להפעלת מערכת הרוויה תחילה; לאחר שהלחץ מתייצב, הפעל את משאבת השפכים. יש להתאים את מינון הכימיקלים באופן דינמי על סמך איכות המים (לדוגמה, המינון המומלץ של PAC הוא 20-50 מ"ג/ליטר); מינון יתר עלול לגרום להתרחבות הבוצה, בעוד מינון נמוך יפחית את יעילות הסרת ה-SS (יעד מעל 90%).
במהלך הפעולה, עקוב אחר טמפרטורת המנוע (פחות או שווה ל-65 מעלות), אחידות הבועות (קוטר 30-100 מיקרומטר), ועובי שכבת החלאות (מומלץ פחות או שווה ל-20 ס"מ). במקרה של חריגות, התאם את לחץ הרוויה (0.4-0.6 MPa) או יחס זרימת חזרה (20%-30%). מומלץ לפרוק חלאות כל 2-4 שעות כדי למנוע סתימת המגרדים.
בעת כיבוי, כבה תחילה את משאבת השפכים, ולאחר מכן שחרר את לחץ הרוויה, ונקה היטב את החלאות (תכולת מים פחות או שווה ל-98%) ומשקעי הצינור.
